portupgrade で更新をすると，そんなことを言われるようになった。
の中にあるリンクファイルを削除とかリネームすることで回避できた。
https://www.masashi.org/blog/2018/04/29/no-such-file-or-directory-realpath_rec-usr-local-lib-compat-pkg-libmysqlclient-so-18/